2次経路では,抗原抗体結合物がなくても細菌や酵母の種々の多糖体のような細胞壁重合体によってC3以下が活性化します. 異物の侵入があったが,抗体がまだ作られていないという緊急の場合の経路と考えられています.これは以下のようにC3からはじまり,あとは古典経路と同様に活性化していきます. C3→C5→C6→C7→C8→C9
レクチンによる補体活性化経路 C4→C2→C3→C5→C6→C7→C8→C9 。