Experiments in Microbiology(2010）

update 10/05/22

細菌の培養は時間とともに変化するという特徴があり，時には一晩かかることもあり，集中実験としては変則的になります．その分，各自のスケジュールに合わせて学生実験としては比較的自由に実験できるように組み立ててあります．日程表をよく検討して個人,グループのスケジュールを立てましょう．

[課題と日程][始める前に ][マニュアル集][材料と器具][実験授業日誌]

Instructed by Prof. Koichiro Yamamoto & Dr. Nakata, Room 8109

各実験プロトコールが確定予定日した後，さらに修正したところで需要な個所は紫色の字で表示します．

確定予定日後，削除することにした訂正文章は横線で消してあります．
実験そのものへの影響が少ない部分，単純な誤字，htmlタグの修正などはupdateの対象外です．
誤字や疑問の個所がありましたら，メールなどでお知らせください．かならず氷菓の対象とします．

お気づきの点，ご質問はこちらまで．

Notes On Ahead （Students must read the notes in before starting working. Confirm the notices in the notes everyday before working.)
Subjects and Schedules(課題とプロトコールの一覧，および，それらの日程のまとめ）
Protocols for Experiments（共通する実験手技についてまとめたものです）
Materials, 材料と器具の一覧表
レポートの書き方

Second Week

Updated : 10/05/07
Date to be fixed, 10/05/09
Dead end of papers：10/05/31 17:30,>At the door of room 6212
Dead end of critical reading: 10/06/07 17:30(wode sheng1ri)
Dead end of revised papers: 10/06/14, 17:30,Work notes should be submitted

Schedules （Rogh indication）	Ex4		Ex5
Schedules （Rogh indication）	Biochemical identification of bacterial species		Determination of plasmids by digesting with restriction endonucleases
May 17, Mon.	Day 1 Receive tubes of bacterial solution( Bacteria R[red cap]）and B [blue cap]). Your student number is on the tube. Inoculate a loopful bacterial suspension into nutrient broth (For direct inoculation will gives dispersion of inoculum volume.) Preparation of media for determination.	Differential media should be solidified overnight at room teperature.
May 18 (Thu)	Day 2 ． Inoculation to differential media.		Day 1 Isolation of plasmids from Bacteria A and Bacteria B Preparation of agarose gel for ectrophoresis of DNA	Experiment room is open from 8:40 am． How to make agarose gel will be demonostrated.）。 You would be able to stop the experiments and allow to stand for a while. After removal of culture supernatant fluid after centrifugation on ice for 1-2 hours.） Afer Solution III was added and mixed (less than 4 hours) Afer alcohole are added (overnight under refrigiation) After DNA was suspended in TE (on ice or in an refrigerator) Electrophoresis can be stopped using clock-timer. EtBr staing（up to 12 hous）
May 19 (Wed)	Day 3 Observation of changes of colors of differential media Addition of reactive solutions Determination of genus (species) using flow-chart.	In paper, you have to summerize the characterization of each gived bacteria, but, change of differential media.	2日目 Confermation of plasmid by electrophoresis (use 5 mcl out of 50 mcl of plasmid prepared) Photo recording of agarose gel (Try extraction of the plasmids, if you can't observe them)	You may not be able to get fine resolution of electrophoresis when application of samples takes time. You can apply samples quickly into wells of agarose gel if you work in pairs. RNase should be used for applicaton of samples to gel wells only when you apply DNA samples digested with restriction endonucleases. Don't use RNase when you just confirm undigested plasmids. Photograph of the electrophresed gel is taken at Room 8214 of second floor of Faculty of Health and Welfare building. Way of taking picture will be instructed in advance. For digestion with restriction endonuclesases, use the rest of the plsmid prapration (around 45 mcl)
May 20, Thi.			Electrophoresis of DNA fragments Photography of agar gel Enlargement of photos using photocoy Extraction of plasmids from Bacteria C and Bacteria D, Bacterial specimens will be distributed.	Samples C and D will be distributed. Each student must make his or her procedure plans by themselves.
May 21, Fri.			You may work the experiments as you want in the following days.

第1回目

Update:09/04/02
確定予定日予定日：10/04/11
レポート締め切り予定日 10/05/07,17:00,山本研究室(6212)の前

日程
(時間については特別な場合を除き特に固定しません．）実験１実験２実験３実験４
細菌の顕微鏡観察 細菌の培養とコロニーの観察 抗生物質による細菌増殖の抑制（感受性試験) 形質転換
4/19(月)17:40～
この時間に簡単な説明をしますが，実験室は12:00ごろから空ける予定です．この時間から来れる人は実験を早く始めることができます．イントロダクション，全般的な注意

しっかりと予習してくてください．予習しなければ実験が大変遅くなります．
基本的に各自、自分のペースでやって構いません．

納豆，ヨーグルトなどの観察材料の採取
グラム染色
この実験はいつでも始められるので，培地作成の合間をぬって各自行う．寒天平板培地の作成
歯垢，鼻腔，皮膚の拭き取りと食品を植菌
培養培地作成は非常に時間がかかるので，たとえば，昼休みや3時限目に，まず寒天培地の作成を手掛けと時間の節約になる．
この場合、培地をオートクレーブにかけ，3時限目や、4時限目(どうも早く終わるらしい)の授業中に自動的滅菌できるようにするのもよい．
シャーレに名前，日付などを前もって書いておき，オートクレーブが終わったら60℃前後（何とか持てる程度の温度)まで冷やし，時間をみつけ速やかに寒天培地を流し込み，十分に固める。

4/20(火):特定の時間を設けないので各自空き時間を利用すること．歯垢のグラム染色前日のグラム染色を材料を歯垢でおこなう。この日は歯みがきをしない方が良いサンプルがえられる。コロニーの観察(大きさを中心に)

4/21(水):
授業の空き時間を利用する（ほぼ終日) コロニーの観察と顕微鏡観察材料器具は，全て揃えてあるので休み時間なども利用しておこなうことができる． 1日目

薬剤感受性用寒天培地(M-H Agar Medium)の作成
試験菌の前培養
菌株は3株
1日目

形質転換
抗生物質入りの寒天培地の作成

4/22(木): 2日目
液体培地から寒天培地への植菌
2日目

コンピテント細胞の作成
コンピテント細胞へのDNAの導入と培養

4/23(金） 3日目
抑制環の観察
3日目
コロニー数の計測
転換効率の計算 UV下でのコロニーの観察

日程 (時間については特別な場合を除き特に固定しません．）	実験１		実験２		実験３	実験４
	細菌の顕微鏡観察		細菌の培養とコロニーの観察		抗生物質による細菌増殖の抑制（感受性試験)	形質転換
4/19(月)17:40～この時間に簡単な説明をしますが，実験室は12:00ごろから空ける予定です．この時間から来れる人は実験を早く始めることができます．	イントロダクション，全般的な注意しっかりと予習してくてください．予習しなければ実験が大変遅くなります．基本的に各自、自分のペースでやって構いません．
	納豆，ヨーグルトなどの観察材料の採取グラム染色	この実験はいつでも始められるので，培地作成の合間をぬって各自行う．	寒天平板培地の作成歯垢，鼻腔，皮膚の拭き取りと食品を植菌培養	培地作成は非常に時間がかかるので，たとえば，昼休みや3時限目に，まず寒天培地の作成を手掛けと時間の節約になる．この場合、培地をオートクレーブにかけ，3時限目や、4時限目(どうも早く終わるらしい)の授業中に自動的滅菌できるようにするのもよい．シャーレに名前，日付などを前もって書いておき，オートクレーブが終わったら60℃前後（何とか持てる程度の温度)まで冷やし，時間をみつけ速やかに寒天培地を流し込み，十分に固める。
4/20(火):特定の時間を設けないので各自空き時間を利用すること．	歯垢のグラム染色	前日のグラム染色を材料を歯垢でおこなう。この日は歯みがきをしない方が良いサンプルがえられる。	コロニーの観察(大きさを中心に)
4/21(水): 授業の空き時間を利用する（ほぼ終日)			コロニーの観察と顕微鏡観察	材料器具は，全て揃えてあるので休み時間なども利用しておこなうことができる．	1日目薬剤感受性用寒天培地(M-H Agar Medium)の作成試験菌の前培養菌株は3株	1日目形質転換抗生物質入りの寒天培地の作成
4/22(木):					2日目液体培地から寒天培地への植菌	2日目コンピテント細胞の作成コンピテント細胞へのDNAの導入と培養
4/23(金）					3日目抑制環の観察	3日目コロニー数の計測転換効率の計算 UV下でのコロニーの観察